NF1基因诊断常见问题
由于I型神经纤维瘤病临床表现复杂，而且临床表现出现时间跨度大，可以从出生表现为多发性咖啡斑到老年伴发肿瘤，即使对于有经验的临床医生来说，早期临床诊断也是十分困难。目前基因诊断依然是诊断该病的金标准。本文就患者以及专业医生经常遇到的问题做一简单阐述。
1．为什么要进行NF1基因诊断？
首先，是为了明确疾病的诊断，让临床医生对疾病的预后尽可能进行一个评估，同时区别其他一些非NF1的多发性咖啡，如：Legius 综合症、LEOPARD综合症、斑驳病等；第二，明确NF1基因诊断的目的是为了再生育产前基因诊断，优生优育，因为目前该病没有根治的手段。
2. 为什么父母没病，小孩患病？
1型神经纤维瘤病是常染色体显性遗传，临床上约50%患儿为散发病例，即父母正常，小孩发病，原因是因为NF1基因易发生新生突变，即de novo突变。患儿的突变是因为合子后卵裂过程中发生突变，大多数散发病例均属于此类情况，但是仍然有少数患儿的NF1基因突变遗传来源于父母生殖细胞的嵌合。对于新生突变，父母再次生育小孩是患病的可能性不大，但如果父母生殖细胞存在NF1基因突变嵌合的话，遗传的概率要取决于生殖细胞嵌合的比例，所以在条件允许的情况下，我们建议对患病小孩正常父母的体细胞嵌合比例进行检测，常用的方法有克隆测序，SNaPshot测序，NGS测序（>1000），另外还有焦磷酸测序等。
3．目前NF1基因诊断的阳性率是多少？
这是一个很难回答的问题，对于符合NIH诊断标准的患者，目前NF1基因致病变异检出率国内外都在95%左右，目前测序技术已经均一化，绝大部分数据已经能够全球共享，所以检出率目前已经不是问题。关键在于我们一些遗传咨询从业人员不是很专业，包括检测分析人员和临床医生，因为判断NF1基因变异致病与否需要丰富的临床基因诊断的经验。对于临床上诊断不清的病例，谈NF1基因诊断的阳性率的多少是没有意义的。
4．NF1基因诊断的方法有哪些？需要多长时间？
以往常用的方法是Sanger测序，包括MLPA分型大片段缺失等。近年来更多的是采用二代测序（Next generation sequencing，NGS）方法检测，包括基因Panel测序或者全外显子组测序，市场上很多成熟的测序平台都有不同P anel包含NF1、NF2以及SPRED1等。至于Panel和全外显子组测序各有利弊，在此不再赘述。一般Sanger测序一周左右可以得到NF1基因的所有外显子及剪接区域的序列，NGS需要4周左右出结果。如果Sanger测序和NGS未发现NF1基因变异，需要MLPA进一步分型大片段缺失，则需要更长检测的时间。
5．NF1基因检测出现阴性结果的可能性？
对于临床上确诊为I型神经纤维瘤病的患者，NF1基因检测出现阴性结果的可能性有以下几个方面：第一、由于种种原因，大片段缺失检测被忽略。根据目前我们检测的经验来看，中国NF1群体的基因大片段缺失的比例在10%左右。第二、患者为嵌合突变，血液中嵌合比例在5%以下，Sanger测序无法检测出如此低的嵌合变异，解决的办法是可以取病变组织检测，比如纤维瘤或咖啡斑，可以有效提高检出率。第三、Sanger引物序列存在SNP，导致野生型单倍体优势扩增，测序时无法检测出致病变异。所以引物设计时尽量能够检测一下是否含有SNP，可以对照UCSC或者SNP check等网站。第四、有一定可能致病变异位于NF1基因内含子深部，一般大于+100或-100bp以外的磩基变很难鉴定其致病性与否，以及NF1变异位点位于外显子开始或末尾几个碱基，氨基酸变异为同义突变，事实上影响剪切而被忽略，以上的情况可以采用NF1基因mRNA测序排除。
作者介绍
副主任医师，新华医院皮肤科行政副主任，医学博士，硕士研究生导师，2015年5月-2017年5月英国邓迪大学皮肤与遗传医学中心访问学者。现任中华医学会皮肤性病学分会遗传学组委员，上海市医学会皮肤性病学分会青年委员会副主任委员， 上海市医师协会皮肤科医师分会委员等。
主要研究方向为儿童特应性皮炎的临床诊治与发病机制，遗传性皮肤病的基因诊断及产前基因诊断、单基因遗传性皮肤病的致病基因定位克隆及致病机制研究。首次发现并证实POFUT1基因是泛发性屈侧网状色素异常的致病基因，并对此致病机制进行了进一步研究；在大片段缺失和嵌合突变等复杂类型的基因诊断、高难度高风险的营养不良型大疱性表皮松解症、白化病等重症遗传性皮肤病产前基因诊断等方面积累了较丰富的经验。发表论文100余篇，其中以第一作者或通讯作者共发表SCI论文50篇，单篇最高影响因子11.20分；承担国家自然科学基金、教育部博士点基金、上海市高峰高原计划临床型研究医师、上海市自然科学基金等多项科研课题；曾荣获教育部科技进步奖二等奖（排名第三）、上海市科技进步奖二等奖（排名第二）、江苏医学科技奖三等奖（排名第一）等奖项。
*注
内容转载自：基因检测与解读 作者：李明
