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基因编辑技术CRISPR创新应用:病原体快速检测和器官移植

2018-05-02 14:12:23基因谷


 

最近,基因编辑技术CRISPR的应用又有了两个方面的创新进展:


 

《科学》重磅:张锋的“神探”再无束缚!2小时内现场判断病毒种类,即时检验迎来革命性突破,都靠这位美女科学家 | 奇点猛科技


 

本周,《科学》杂志以封面形式发表了一项有关CRISPR技术的最新进展。此前我们曾经报道过,张锋团队构建的“SHERLOCK”检测技术,该技术利用CRISPR/Cas13a系统,在病毒快速检测领域迈出了一大步。这项备受期待的技术,这次又迎来了新的重大突破,终于可以离开实验室,有望在疾病一线大显身手了!

《科学》本周封面

本项研究引入了一种新的样品处理方法,告别了实验室内繁复的核酸提取工作,使得新技术能够直接在患者唾液和血清样本中检测到病毒,同时依旧保持着1个拷贝/微升的灵敏度。该技术也能够更容易、快速地区分几种相关的类似病毒(如寨卡、登革热、黄热病毒和西尼罗河病毒),这些病毒引起的症状相似,对辨明疫情特别有用![1]
 

 

基于此前研究的基础,检测结果可以直观地展示在试纸上,整个过程只需要不到2个小时。这意味着,不需要复杂的设备,不需要高端的技术人员,在疫情来临时,普通的医务人员即可在现场快速确认毒株!

此图会动

许多大规模突发性传染病都面临着检测难的问题。

2015年-2016年间,疯狂肆虐的寨卡病毒(Zika Virus,ZIKV),本身传播快、滴度低,受限于检测技术,确诊第一例病例时,疫情已蔓延了几个月。而寨卡与登革热(Dengue Virus,DENV)这类相似的病毒,往往造成的症状也很类似,区分更是难上加难

 

无论是不是这些传播极快、疫情严重的疾病,理想的检测方法都应该兼顾敏感性和特异性,速度要快,费用要低,最好能够同时比对多个对象,同时对设备、技术、资源的要求也要尽可能低。

 

颇受关注的CRISPR小王子张锋,于去年首次发表了SHERLOCK(specific high-sensitivity enzymatic reporter unlocking)技术,这项技术基于CRISPR/Cas13a系统,并结合重组聚合酶扩增技术(Recombinase Polymerase Amplification,RPA),能够对样本中痕量的核酸在恒温条件下进行大量扩增,从而满足Cas13a的检测需求。

SHERLOCK的作用机制

Cas13a是一种RNA酶,与我们比较熟悉的乖巧的Cas9不同,Cas13a比较癫狂,对它来说完成靶向RNA序列的切割根本不是工作的终点,而是狂欢的开始,本来一个安安静静的酶就开始随意切割其他不相干的RNA了。因为这种乱切一气的态度,最开始科学家也没觉得能拿它来干嘛。
 

 

要不怎么说创意值千金呢,利用它这个奇葩特点,配合上一个被切断就会荧光的“报告RNA”,化“切割”为“检测”,这只捣蛋鬼也在SHERLOCK技术里找到了自己的一席之地。

 

两个月前,张锋团队对SHERLOCK进行了再一次升级,提出了“Version2”。V2版结合了其他的Cas酶,实现同时检测4种不同类型的病毒或者突变,而且信号灵敏度也大大提高

 

正是在这一版里,科学家们开发出了对应的试纸条,能够直接用肉眼观察结果!这种亲眼看到CRISPR的感觉还蛮激动的!


 

不得不说,SHERLOCK在各种方面来看,都是一种很有希望实现“理想”的技术,面临的问题,就是它还不能完全离开实验室,比如检测需要的样本,依旧需要在实验室内进行制备。这就是今天这项研究要解决的问题。

Broad研究所正在努力让SHERLOCK能够在发展中国家使用。在疫情爆发期间,这样相对快速、廉价、可靠、即时的技术是十分需要的。无论是现实还是影视作品,我们或许可以告别“送回实验室验一验”这种场面了。

 

体内有猪:基因工程又一逆天技术

快公司杂志中文版

到目前为止,异种器官的移植是医学界的突破难点,因为避免排斥反应尤其棘手。最近eGenesis的首席科学官杨璐菡表示,基因编辑工程可以突破这一个难点,毕竟救命的器官太少,等来时很多却为时已晚。

美国有11.5万人需要器官移植。由于没有足够的器官用于移植,而且往往很难找到匹配的对象,许多在等候名单上的病人即使排上了号,也很难解决他们的医疗需求。

但eGenesis的首席科学官杨璐菡很乐观地认为,她的团队已经找到了解决这个难题的方法。她在温哥华TED2018大会上告诉观众,使用基因编辑技术CRISPR,有可能创造出量身定制的器官,用于移植手术。不是从人体获取原料,而是移植猪的器官。

科学家与医生一直都想找到在移植手术中使用猪器官的方式,因为猪与人类的基因相似得惊人。但有两大难题一直存在。“首先,存在排斥的问题,”杨璐菡说。如果人体将移植的器官认定为外来物体,就会出现排斥。而且,猪细胞还携带会感染人体的内生逆转录病毒(简称PERVs)。

[图为杨璐菡,Photo:Bret Hartman/TED]

“由于没有有效方式去解决这些问题,跨物种器官移植(在移植手术中使用非人类的器官)的研究目前一直没有突破。”杨璐菡说。

CRISPR也许会让情况出现改观。这种基因编辑工具能将基因切开,改变基因片段的排列,以移除或修改某些基因特性。2013年,杨璐菡和她的团队率先使用CRISPR对人体细胞进行了修改;数年后,他们成功用CRISPR从猪的基因组中移除了内生逆转录病毒的所有62个基因副本;去年,第一只不含内生逆转录病毒的猪在杨璐菡团队的监督下出生了。这只猪的后代和其它类似的猪也许最终会将它们的器官贡献给人类(杨璐菡还向观众表示,猪可以像人类一样只贡献部分器官,例如只捐一个肾。移植猪的器官不代表一定要把猪杀死)。

“我们正在努力让器官短缺现象从世界上消失,”杨璐菡说。至于用CRISPR编辑过的猪器官何时才能移植给人类,规模何时才能扩大到让等候名单上的11.5万人全部各取所需(同时还要攻克许多与监管相关的难题),她还难以给出具体的时间。“我们终于有了解决这个问题的工具,这是前所未有的。”杨璐菡说