ALK基因检测
基因检测面面观──ALK专题4
本期主题：《ALK基因检测》
主讲嘉宾：黎琴
关于黎琴
黎琴，吉因加医学中心咨询部经理，中级基因健康管理师，遗传咨询顾问。从事基因检测领域工作7年，致力于基因组学和精准医疗的临床应用及基因疾病的一级预防。
常见ALK融合的4种检测方法
01 IHC（免疫组化）
检测目标：ALK蛋白是否过表达
使用情景：一般与病理同步检测，或在已知EGFR阴性的情况下再做，是一种筛查手段。
结果示意图：
02 FISH
检测目标：ALK基因是否断裂
使用情况：免疫组化不能判断时，是目前ALK融合诊断的金标准。
原理及结果示意图：
03 RT-PCR
检测目标：RNA，逆转录后反推ALK基因与其他基因是否融合
使用情景：检测ALK与哪个基因融合
检测结果示意图：
样本信号曲线有升起（呈S型曲线），表示该位点突变阳性。
04 二代测序
检测目标：ALK基因序列（反映ALK基因的全貌）
使用情况：判断ALK基因融合类型、点突变、扩增
结果示意图：
检测ALK融合类型有什么用呢？
ALK融合有多种类型，其中V1型（EML4基因的第13号外显子与ALK基因的20外显子融合）最常见，约占33%，其次为V2型、V3a/b型。回顾性研究表明，ALK融合不同，使用克唑替尼的效果不同。V1型中位PFS为11个月，而其他型别中位PFS只有4.2个月，存在统计学意义上的显著差异。
4种检测方法哪个好？
中国ALK阳性非小细胞肺癌诊断专家共识（2013年），对ALK检测方法的选择顺序提出了指导意见。（二代测序当时尚未成熟，并未写入共识。根据目前情况，本文作者新添进来作为参考）
本次直播课堂小结
1、免疫组化、FISH、RT-PCR、二代测序均可检出ALK融合，在初次找药时均可用。有条件的情况下采用二代测序可进一步对药效时间有更好的预估。
2、耐药查因和指导换药需用二代测序。
基因检测面面观──ALK专题总结
1、ALK初始变异为融合，耐药变异为突变与扩增。
2、克唑替尼起效快、持续时间长，但脑部病灶控制率差。
3、二三代ALK抑制剂可以比较好地克服耐药问题，且入脑能力好。但需要根据具体突变选择药物，且有可能在多个ALK靶向药之间轮回。
4、ALK阳性总体生存期较长，注重全病程管理，通过优化的治疗方案，有望达到40-50个月的PFS。
5、免疫组化、FISH、RT-PCR、二代测序均可检出ALK融合，在初次找药时均可用。耐药查因和指导换药需用二代测序。
网友问答
1、ALK、EGFR双突变患者该如何治疗？
答：
EGFR突变和ALK重排，在多数情况下相互排斥。但EGFR激活又是ALK耐药原因之一。
数据统计显示，亚洲NSCLC人群中“双突变”发生率1.3%，随着二代测序技术的普及应用，更多“双突变”的患者被检测出来，这个比例还可能有所上升。目前主要包含2个治疗方向：
治疗方向1，单靶点，用EGFR-TKI还是ALK-TKI？
根据2016年底的一篇回顾性研究报道，对于EGFR突变和ALK融合共存的NSCLC，一线使用EGFR-TKI或ALK-TKI做了比较分析，结果显示在PFS方面，EGFR-TKI优于ALK-TKI。最后作者认为，一线EGFR-TKI可能是合理选择。后续是否应用克唑替尼根据ALK融合状态、EGFR和ALK磷酸化水平决定。
由于双突变较少见，文章纳入的患者也只有11例，因此对数据略有影响。但在笔者与一些医生的交流中，医生的临床实践结果也是大多数病人都可以通过EGFR-TKI得到有效缓解。
治疗方向2，双靶点，Brigatinib
Brigatinib可同时靶向EGFR和ALK，并且在今年5月份获得了FDA批准上市（用于ALK阳性）。因此有病友可能会考虑用这个药。
但值得注意的是，Brigatinib除了对普通突变有效以外，也是ALK的L1196M、EGFR的T790M看门基因的抑制剂，直接使用是否会导致C797S等难治性突变提前到来？
目前还缺乏Brigatinib用于“双突变”患者的数据，建议谨慎考虑。
2、我家ALK检测结果为（少+），阴性对照为为阴性，后ALK融合基因检测结果为阴性，EGFR、KRAS、ROS-1都是阴性。若盲试，是否可以参考ALK突变？
答：
（1）病友认为免疫组化弱阳性是由于ALK点突变引起的？其实这个概率非常低，因为原发ALK点突变少见。
（2）由于不同ALK点突变对应的靶向药物也不太一样，直接盲试可能会面临多种ALK抑制剂选药的问题。
（3）肺癌常见的靶向药靶点基因除了上面这几个，还有MET、RTE、HER2、BRAF等。
建议可以用组织做一个二代测序，一方面验证是否有ALK点突变的存在，另一方面也检查有无其他几个靶点基因突变存在，争取更多使用靶向药物的机会。
